В конце августа 1943 года вышел приказ Г.Геринга о постройке двух опытных образцов самолета Н IX, проект которого вышел победителем в конкурсе по программе «1000-1000-1000». Сроки были весьма жесткими: первую машину (без двигателей) требовалось подготовить к марту 1944 года, вторую машину с двумя ТРД BMW 00ЗА — к июню 1944 года. Первый полет машины Н IХ V-1 состоялся 1 марта 1944 года в Геттингене. К концу апреля стало ясно, что двигатели ВМW не будут доведены до нужной кондиции к запланированному первому вылету второй машины. В итоге решили установить на самолет двигатели Jumо 004В, имевшие несколько больший диаметр. Хотя самолет Н IХ V-2 еще находился в сборке, RLM в соответствии со специальной истребительной программой в июле 1944 года выдало контракты на постройку по 20 машин серии А фирмам «Клемм» и «Гота». Вскоре контракт фирмы «Клемм» из-за ее загруженности работами по самолету Ме 163В передали на «Готу».